1 октября 1958 года приказом по МСМ № 567с на базе всех архивов был образован единый (Центральный) архив МСМ с подчинением Второму управлению. В этом же году в подвальной части здания № 1 (в помещении бомбоубежища) были оборудованы архивохранилища общей площадью 1000 кв. м. В 1986 году в составе Центрального архива приказом по министерству был создан Специальный фонд документации по ликвидации последствий аварии на Чернобыльской атомной электростанции и для хранения документов, поступающих из Чернобыля. Позже Государственная корпорация «Росатом» была включена в перечень организаций, в деятельности которых образуются документы архивного фонда, находящиеся в федеральной собственности.